三是对我国北方、云南及氐羌、百越等历史部落起源民族群体的遗传分析。对我国东北部的5个少数民族(达斡尔、鄂温克、鄂伦春、蒙古族和朝鲜族)线粒体DNA多态分析表明，5个少数民族间的母系遗传结构与其北方起源的族源历史是相吻合的。来自不同研究组的云南4个民族群体的系统发育比较分析研究提示：同一民族不同地理群体存在一定的差异，这可能是源于不同的地理群体之间对古老遗传印记的不同程度的保留以及后期各自经历的群体事件的不同；氐羌和百越族源的民族群体间存在一定的遗传上的差异，但总的来说群体的母系遗传结构在一定程度上带有其族源印记，现时的遗传结构则是其族源的印记与其所经受的群体历史事件及选择等综合作用的结果。

四是古DNA研究及mtDNA数据质量评估与纠错、线粒体突变致病性评估。从遗传学的角度来说，古DNA的研究是了解古代人群遗传结构最直接和有效的方法。关于我国古DNA的研究，存在很多的问题，张亚平等通过对相关的古人类DNA工作进行了重新分析，纠正了一些具有较大影响的错误结论或看法，同时指出，只有结合系统发育分析才能对所获得的片段的真实性进行甄别并最大限度地挖掘出其中包含的信息，从而避免由于方法及手段的限制而对所获古DNA数据进行错误的理解或解释。

这些青年科学家们还发现，以前关于线粒体DNA与疾病、长寿关系的研究，通常采用病例对照法，但他们通过系统发育思想对5178A突变研究、T12338C突变研究、精神分裂症研究几个相关案例的分析表明，这种方法常常会受到群体分层、实验室特异错误、样本污染等原因影响而导致错误的结果。过去认为的很多疾病或长寿相关性线粒体DNA突变，实际上是世系的特征突变。继而提示，结合系统发育知识可有助于甄别特征变异位点与致病性突变，从而可以避免得出错误的结果或推论。同时，这种系统发育分析方法对于mtDNA数据质量评估及纠错非常有效，并通过对报道的一些mtDNA数据进行了重新分析，对其中存在的问题进行总结并提出相关建议。

张亚平等的研究带动了东亚人群源流与演化的研究，在国内和国际上引起了积极而广泛的影响。其中，以第一单位发表SCI论文18篇，国内核心期刊论文及综述4篇，国际会议摘要3篇，参与撰写专著2部，以合作单位发表SCI论文2篇。该项目相关研究论文虽然都是近年发表，但已被《自然》、《科学》等著名刊物，PLoS BiolAm J Hum Genet、PNAS、Genome Res、Annual Review系列和Trends系列杂志等顶级刊物引用270多次。所发表文章中，有4篇进入中国科学院生物类1999年至2004年期间被SCI引用次数最多的100篇论文中，其中Yao et al. 2002 AJHG位列2002年度发表论文中被SCI引用次数最多的第三篇论文，仅次于当年分别发表在《科学》和《自然》的两篇关于水稻基因组的论文。另一篇Kong et al. 2003 AJHG位列2003年度的第六位。